中心内设机构及职能
一、办公室
负责日常行政事务管理和内部工作协调;负责对市委市政府、卫生健康主管行政部门及其他有关单位的工作协调;负责编制年度工作计划及总结、重要及综合性文件起草、一般性文稿的审核工作，承担重要会议的组织、会议文稿统筹；负责目标绩效管理；负责公务接待、机要、保密、档案、印鉴管理等工作；负责车辆使用管理、物资设备管理、试剂耗材管理、仪器及房屋水电维护维修等工作；承担基础设施建设、信息化建设、消防、保卫、安全生产、社会治安综合治理等工作。
二、党委办公室
负责党委事务、政治思想、纪检监察、统一战线工作，负责意识形态建设、法制建设、精神文明建设、文化建设、创建综合治理工作；负责工会、群团工作，负责接待处理来信、来访和群众投诉，牵头扶贫、维稳相关工作。
三、人力资源科
负责组织制定人事管理制度；负责人才队伍建设，拟定人才引进和招聘计划并组织实施；承办中层干部、中青年后备人才的选拔、管理、培训；负责工资福利、考核、请休假管理、考勤管理、任职资格评审、岗位聘用、人员进修、对口支援、人才推荐、教学、医师基地、学分登记、学生实习管理；负责退休人员管理工作。
四、财务科
负责制定财务管理制度；负责财务预算、决算、内部审计、分析、收费、出纳，单位及学会、工会资金管理；负责代缴代扣职工的各类保险、住房公积金及职业年金，各类开支审核；负责工资及福利发放；负责各项目实施方案的审查、汇总、执行监督（项目台账管理）；负责财务执行监督；负责办公物资、应急物资、仪器设备、药品、试剂耗材及生物制品等采购工作。
五、业务质量管理科
负责业务发展规划，牵头统筹2个及以上业务科室综合工作，业务目标制定及考核；负责质量管理、实验室认证和认可、质量体系文件更新、检验检测业务统计及报告、检测报告印章管理、检测标准受控和变更、质量控制、质量监督检查工作；承担实验室样品的统一接收、保存、流转相关工作；负责各类检测报告的统一发放；负责疾控机构等级评审、生物安全、学术科研论文、医学伦理、人员培训、业务技能活动等管理工作；负责重点学科管理、继续医学教育项目的组织申报、督促实施与管理；负责预防医学会的日常工作。
六、免疫规划所（疫苗临床研究办公室）
负责全市免疫规划管理和业务技术指导、培训和预防接种相关调查研究、国家免疫规划疫苗计划拟定、分发和使用管理；负责组织开展预防接种异常反应监测和重大疑似预防接种异常反应的调查诊断、疫苗可预防疾病的监测、调查和疫情控制；负责制定免疫规划和预防接种相关技术方案；负责疫苗及生物制品的保存管理；承担免疫规划实施和预防接种服务的督导、考核和评价工作；承担一类疫苗接种率、二类疫苗接种情况和人群免疫水平监测、免疫规划信息管理系统维护和使用管理工作；承担疫苗的推广介绍、负责乙肝的预防与控制。负责疫苗临床试验相关管理工作。
七、传染病预防控制所（突发公共卫生事件应急处置办公室）
负责组织开展全市急性传染病监测、预测、专题调查，提供全市急性传染病预防控制策略与措施的技术保障，实施防治规划、计划和方案，预防控制相关疾病的发生与流行；负责拟定全市寄生虫病、地方病防治技术方案并组织实施，协助相关行政部门制定防治规划、控制策略和建议；负责组织制定突发公共卫生事件及灾害疫情应急处置技术方案并组织实施; 承担组织实施全市急性传染病防治的质量控制，开展评估和效果考核工作；承担组织突发公共卫生事件的应急处理、报告和评估工作；承担公共卫生应急工作的日常管理和应急响应的协调、组织和实施；牵头应急体系建设应急队伍管理、应急物资储备及应急培训、演练等工作。
八、性病与艾滋病预防控制所（艾滋病防治管理办公室）
负责全市艾滋病、性病、丙肝、麻风病的综合防治、技术指导、人员培训及信息系统管理；负责艾滋病相关项目的实施和管理；负责指导社会组织参与艾滋病防治工作；承担实施吸毒人员美沙酮维持治疗管理工作；承担公安三所性病监测工作。负责性艾协会日常工作。
九、结核病预防控制所（重大传染病示范区管理办公室）
负责执行政府结核病防治规划，落实全市结核病预防控制、疫情监测分析、重点人群耐多药结核病防治；负责结核病聚集性疫情处置；承担结核病防治健康促进和大众健康教育；承担实施国家重大传染病综合防治示范区项目工作；承担全市重传示范区项目工作的业务方案制定、指导、培训、督导、考核和评估工作。
十、慢性病预防控制所
负责全市心脑血管疾病、糖尿病、慢阻肺、老年性疾病、口腔疾病、恶性肿瘤、精神心理性疾病等慢性非传染性疾病的预防与控制管理；负责全市死因、肿瘤、心脑血管疾病、儿童伤害等慢性病相关危险因素监测管理；负责特定项目专题调查等；负责全面健康生活方式的监测评价；负责慢病综合防治示范区建设的技术指导、评估；承担重点疾病、重点人群健康干预工作；牵头承担基本公共卫生服务相关工作；承担全市慢性病防治的业务统筹规划、培训指导、考核督导。承担学校常见病防控相关的防治工作。负责慢病协会、糖尿病协会日常工作。
十一、健康教育所（信息宣传科）
负责健康教育监测和健康促进，负责分发和制作健康教育材料，组织开展社区、学校、医院、行业、大众传媒等健康教育、健康指导和健康行为干预；负责卫生宣传活动，承担卫生法规、健康生活方式、应对突发公共卫生事件防治等知识的对外宣传和咨询；牵头健康绵阳建设工作；负责公共卫生信息收集、传播、汇总、分析及编辑发行各类信息;负责各类专病报告的统筹管理和协调，承担舆情监测、情报信息收集。承担局域网、门户网站内容日常更新维护。
十二、公共卫生监测所（食品安全风险监测所）
负责生活饮用水、公共场所等环境健康危害因素监测、控制、指导；负责突发公共卫生事件及灾害疫情现场消毒处置工作；承担学生常见病和相关危害因素控制、医疗机构等消毒质量监测及指导。负责组织实施饮用水、食品安全风险监测、食源性疾病监测与控制和相关专报系统管理；负责拟定全市病媒生物防制技术方案并组织实施；负责开展公众健康和营养状况监测与评价，提出干预策略与措施；牵头爱国卫生工作，承担病媒生物及“四害”监测和技术指导，协助相关行政部门制定防治规划、计划、控制策略和建议等。承担改水改厕技术指导；承担公共卫生监测项目，负责科室内报告的编印、审核、评价、签发、合成。
十三、职业与放射预防控制所
负责建设项目职业病危害评价、职业病报告管理、职业病危害因素检测与评价；负责放射性危害评价、放射防护检测以及含放射性产品检测等工作;负责指导并参与职业中毒、放射事故的调查与处理;牵头负责职业卫生、放射卫生、职业健康体检资质办理、评审及职业病质量控制中心相关工作；承担全市职业卫生、放射卫生工作的业务指导、考核与培训；承担全市从业人员健康体检、职业病诊断的技术指导工作。承担职业和放射卫生监测项目。负责科室内报告的编印、审核、签发；负责报告的评价、合成。
十四、微生物与临床检验所
负责健康相关产品（样品）的微生物检测检验工作；负责疫情和其它突发公共卫生事件的微生物检验工作；负责相关疾病预防控制的实验室微生物检验工作；负责相关专报系统的实验结果录入；负责本所涉及的试剂、菌株的安全管理及仪器设备的安全正常使用、日常维护及常规管理；负责全市微生物检验工作的业务指导；承担病媒生物抗药性检测工作。负责科室内报告的编印、审核、签发；负责艾滋病报告的发放。
十五、理化检验所
负责食品、食品包装材料及容器、食源性疾病、水、涉水产品、有毒有害场所空气、消毒产品、生物材料、化妆品、土壤等各类样品的物理、化学、毒理等检测分析；负责食品、饮用水、工作场所等突发公共卫生事件相关样品的应急检测；负责有毒有害化学试剂的管理；负责全市理化检验工作的业务培训和指导；负责科室内报告的编印、审核、签发。